Isto depende muito da cultura da sua empresa e/ou do seu patrão. Em geral, a maioria dos locais quer que você saia quando é contagioso (ou tem uma doença grave ou uma desculpa médica) e é menos provável que queira que saia se não o for. No entanto, um bom lugar não vai querer que fique se não estiver a obter trabalho, especialmente se cobrar a um cliente pelo trabalho.
Uma dor de cabeça é uma verdadeira área cinzenta. Se tiver sido diagnosticado com enxaquecas e tiver uma desculpa médica, a maioria não terá problemas com isso, mas se sair frequentemente para dores de cabeça (tive uma todos os dias durante um ano, claramente tive de aprender a trabalhar com enxaquecas se quisesse ser pago!), isso pode ser um grande problema. Eu notaria que as pessoas que não têm dores de cabeça (e particularmente se nunca tiveram uma enxaqueca) podem não compreender o quão debilitantes podem ser. Podem estar a pensar que podem trabalhar quando estão de ressaca e não há problema e não compreendem o quanto pior pode ser uma dor de cabeça não induzida pelo álcool. (Não estou a insinuar que a sua dor de cabeça tenha sido uma enxaqueca, por exemplo, mas essas são as que eu mais conheço e que certamente podem ser tão más que não se deve trabalhar)
Também dependerá da urgência actual do trabalho. Mesmo antes do prazo de um grande projecto, é menos provável que as pessoas se sintam felizes se tirarem um tempo inesperado, a menos que seja realmente importante como ir para o hospital (ou uma morte na família). As únicas vezes que vi toda a gente (independentemente da sua posição habitual em relação a tirar férias) apoiar alguém que tira férias na última semana antes de um grande projecto acontecer foi quando a mulher da pessoa foi diagnosticada com cancro ou quando um cônjuge ou filho morreu. Já vi muitas pessoas trabalharem mesmo antes de um prazo, mesmo com uma constipação ou gripe, especialmente se pudessem trabalhar em casa.
Não é provável que uma vez isto seja uma grande marca negra, mesmo que o seu chefe estivesse infeliz, a menos que trabalhe num lugar horrível. Fale com ele quando regressar e pergunte-lhe quando acha que é apropriado partir e quando é apropriado ficar.